민주당 문석진 구청장 후보가 야3당 후보 단일화를 위한 ARS여론조사에서 48.3%의 지지도를 이끌어 내며 야당 구청장 단일후보로 나섰다. 서울시 자치구 중 지방선거 야당 후보 단일화는 서초구에 이어 두 번째다.

지난 6일 서대문문화회관에서 「反한나라당 정권」에 뜻을 같이한 민주당 문석진, 국민참여당 손영훈, 민주노동당 이상훈 구청장 후보 등 야3당 구청장 후보들은 단일화를 위한 기자회견에서 『단일 후보를 통해 부패한 한나라당 정권을 심판하고, 지방선거에서 승리하기 위한 야권의 힘을 보여주자』며 후보 단일화를 선언했다.

이에 따라 야3당 구청장 후보들은 기자회견에서 단일화를 위한 전화여론 조사를 ARS 여론조사기관 「더 피플(The people)」에 의뢰해 최다 지지율을 보이는 후보를 야권 단일후보로 선출하기로 합의문을 작성했다.
야3당 구청장 후보들은 지난 8일과 9일 양일간에 걸쳐 진행된 ARS 여론조사에서 한나라당을 지지하지 않는 구민을 대상으로 948샘플을 추출했으며, 민주당 문석진 후보가 48.3%의 지지율을 얻어 야권 단일 후보로 확정됐다.

지난 10일 같은 장소에서 열린 「야3당 단일 후보 확정 기자회견」에서 문 후보는 『오늘부터 서대문의 또 다른 변화가 시작된다. 야권 단일 후보는 단순한 정치쇼가 아닌 한나라당 정권에 대한 부패와 비리 등을 서대문에서 척결하고, 단결된 힘으로 참된 가치를 실현하고자하는 의지를 보여주는 것이다. 후보가 단일화 됐고, 힘을 모으기로 한 이상 반드시 승리해야 한다. 단합된 힘으로 서대문 구민들의 갈등을 해소하고 한나라당 일당독재 체제를 반드시 심판할 것』이라며 수락연설을 전했다.

야권 3당의 나머지 후보들은 합의문에 따라 민주당 문석진 후보의 공동선거대책위원장으로서 활동하게 된다.
한편, 국민참여당 손영훈 후보가 야3당 후보들이 단일화를 이루는 과정에서 정당 예비후보자로 등록하지 않은 상태에서 합의문에 날인해 논란이 일자 공개 사과하고 나서는 해프닝이 있었다.
6일 오후에 예비후보 등록을 마친 손 후보는 오전에 열린 기자회견 당시 예비후보 등록을 하지 않아 「입후보 예정자」라고 표기해야 함에도 불구하고 예비후보를 자처해 「선거법에 위배 된다」는 여론을 일으켰다. 

서대문구 선거관리위원회로부터 당일 시정명령을 받은 손 후보는 오후 구청장 정당후보로 등록을 마쳤으며 합의문에 날인할 당시 예비후보가 아님을 인정한 손 후보를 비롯한 야3당 후보들은 손 후보 등록 이후 새로운 합의문을 다시 작성해 날인함으로써 효력을 발휘 할 수 있도록 했다.
또한 10일 열린 기자회견에서 손 후보는 『구청장 예비 후보 등록을 위한 서류는 모두 갖춘 상태였으나 시간 절차상의 문제로 논란을 일으킨 점 사과한다』며 공개 사과해 웃지 못할 해프닝을 연출하기도 했다.